邹平市妇幼保健院始建于1953年10月，经历了站、所、院的三次变革,目前一院三区。2019年6月17日山南新院正式启用，新院区占地50亩，一期建筑面积2.6万平方米，开放床位170张，现有职工320余人，高级职称22名，中级职称74名，是一所以妇幼保健和计划生育技术服务为特色、集临床与保健于一体的专业医疗保健机构。

医院始终遵循国家妇幼工作方针，以“全心全意为妇女儿童提供全生命周期的妇幼健康服务”为宗旨，秉承“团结、仁爱、担当、创新”的精神，以“打造绿色、人文、智慧妇幼保健院”为愿景，为辖区妇女儿童提供健康服务。是妇幼卫生信息监测点、国家出生缺陷监测点、国家高危孕产妇监测医院，滨州市产前筛查定点医院。

医院先后与山东省妇幼保健院结成妇幼专科联盟，与淄博市妇幼保健院建立对口帮扶，加盟“齐鲁儿童医疗集团”，与济南市妇幼保健院合作，采用“引进来、送出去”的工作方式，加快了妇幼业务骨干的培养。

2019年12月13日，医院顺利通过二级甲等妇幼保健院评审，成为滨州市第一家“二甲”妇保院。

2020年6月，医院加挂“邹平市儿童医院”牌子。同年，医院纳入公立医院管理，实行党委领导下的院长负责制，医院的发展走上了新的轨道。
2021年12月，医院与山东大学第二医院签署对口帮扶协议，医院管理水平、业务能力、服务质量均有了显著提升。次年1月，医院成为山东大学附属生殖医院技术协作医院，开启了生殖医学的新征程。

目前医院实行大部制改革。分为：妇女保健部、孕产保健部、儿童保健部。