杭州市余杭区第三人民医院始建于1951年，地处实证中华五千年文明的良渚文化遗址核心区，是阿里巴巴总部所在地杭州市余杭区一家二级甲等综合性医院，承担着余杭区西北部5个镇街的医疗急救、预防保健、公共卫生、健康教育等职能。2014年，医院由西湖大学附属杭州市第一人民医院全面托管，实行同质化管理，现为杭州市第一人民医院集团瓶窑院区、杭州市消化病医院余杭分院。2019年2月牵头组建杭州市余杭区第三人民医院医共体，下辖瓶窑、径山、黄湖、鸬鸟和百丈5家社区卫生服务中心。医共体现有在职职工1200余人，服务面积474.29平方千米，服务人口20万，年服务规模达130余万人次。形成“城市医联体、县域医共体”双体联动，构建市、县、乡、村四级联动的，医共体框架下整合型医疗卫生服务体系。
医院坐落于杭州市余杭区中心镇瓶窑镇羊山湾街8号，占地面积126亩，一期总建筑面积8.1万平方米，设置床位600张，开设临床及医技科室32个，专科门诊43个，住院病区12个。在建二期总建筑面积3.5万平方米，为余杭区传染病诊疗中心，设传染病住院床位146张，计划2025年底建设投入使用。
医院与上海交通大学医学院附属第九人民医院眼科、浙江省肿瘤医院、浙江大学医学院附属口腔医院、浙江大学医学院附属第二医院骨科建立医疗合作关系，与杭州师范大学公共卫生学院签约成立健康共富示范区研究与实践共建基地，建立稳定的科学研究、教育教学、人才培养、成果应用的协作关系。
医院设有国家认证的心脏康复中心、国家标准化代谢性疾病管理中心、浙江省防治卒中中心、余杭区心脑血管疾病诊疗中心、消化病诊疗中心和疝与血管疾病诊疗中心。心血管内科、消化内科纳入杭州市级重点学科（区域共建学科）建设。脾胃病科纳入杭州市基层医疗机构中医特色专科建设。骨科、重症医学科为余杭区重点学科。呼吸内科、泌尿外科、内分泌科、眼科等10个专科（学科）纳入区临床重点建设专科（学科）建设。
医院配有1.5T磁共振、飞利浦60排螺旋CT机、口腔CT、数字减影血管造影（DSA）、高压氧舱、全自动生化免疫流水线、数字胃肠机、双能骨密度仪、体外冲击波治疗仪、LDR产床、彩超、胃肠镜、超高清腹腔镜、肿瘤热疗仪、进口钬激光、奥林巴斯电子支气管镜、多导睡眠呼吸监测仪、3D肺功能检测仪等现代化仪器设备。
建院以来，三院人始终秉承“群众满意，员工至上”的服务宗旨，坚定“怀仁心、精医术、优服务、铸品质”的核心价值观，倾力打造环境优美、设施先进、服务一流、群众信任、职工热爱、政府满意的高品质现代化综合性医院，为人民群众提供全方位全周期健康服务。医院先后荣获浙江省无烟医院、浙江省平安医院、浙江省绿色医院、浙江省健康促进医院、杭州市平安示范医院、杭州市文明单位、杭州市老年友善医疗机构等荣誉称号。