南方医科大学深圳口腔医院（坪山）（深圳市第二口腔医院）是2017 年 12 月 28 日，深圳市卫生健康委员会（原深圳市医管中心）、南方医科大学、坪山区人民政府签署三方协议，合作运营的市属公立口腔专科医院（深圳市医保定点单位）、南方医科大学直属附属医院，深圳市公立三级口腔专科医院。医院 2020 年 6 月一期建成投入运营，定位为“立足深圳、服务粤港澳大湾区、辐射东南亚，集医疗、教学、研究与产业孵化转化为一体的国内一流、国际先进的综合性高水平口腔医疗基地”。
医院位于深圳市坪山区东纵路143号，地铁16号线沙壆站A出口，总规划床位100张，牙椅300台。目前已投入运营的一期占地面积2200㎡，建筑面积11200㎡，设有床位50张，牙椅60台。于 2019 年 12 月 28 日建成启用，并于 2020 年 6 月 6 日试运营，对外开展诊疗服务。预留土地 43000 ㎡，将构建“医-产-学-研”深度融合发展的区域协同创新共同体，整体建成深圳口腔医学创新中心，打造大湾区综合性高水平口腔医疗基地。

　　2023 年 2 月 3 日，医院经核准成为深圳市公立三级口腔专科医院，在 2023 年度深圳市公立三级医院满意度测评中排名全市第一，成为“港人北上看牙”新标杆。2024 年 12 月，医院作为牵头单位发起成立涵盖深莞惠地区的深圳都市圈口腔专科联盟，并加入国家口腔医学中心口腔黏膜病、牙周、儿童口腔三个专科联盟。
医院坚持医教研协同发展，已成立深圳口腔临床学院，拥有 1 个博士后工作站，建成中心实验室，凝练“口腔颅颌面发育与再生研究”、“口腔微生态研究”、“口腔材料研究与数字化技术应用”等 3 个科研重点研究方向。聘任中国科学院王松灵院士为第一届学术委员会主任。医院已获 3 项国家自然科学基金，2 项博士后科研基金，省市级项目 27 项，各级各类科研项目立项资助经费超 500 万元。

　　医院现有全职聘用人员中，本科及以上学历 164 人（其中博士、硕士 92人）；卫生技术人员 151 人（其中副高以上职称医生 24人），主委或副主委 2 人，省级主委或副主委 4 人，多点执业口腔领域高级专家 1 人。柔性引进中国科学院王松灵院士团队、国际著名牙髓病学专家张成飞教授等著名专家学者。