医院现有5个国家临床重点专科,9个四川省临床重点专科。4个四川省重点(培育)学科、四川省医学重点学科(实验室)26个、四川省中医重点专科1个。医院拥有2个四川省重点实验室(核医学与分子影像、代谢性血管疾病)、1个川渝共建重点实验室(代谢性血管疾病)、4个四川省临床医学研究中心(神经外科、出生缺陷、肾脏疾病、糖尿病与代谢病)、四川省院士(专家)工作站、四川省骨科置入器械研发及应用技术工程实验室、四川省临床疾病分子诊断工程技术研究中心等省级科研与转化平台。同时,医院成为同位素及药物国家工程研究中心,生物靶向药物国家工程研究中心共建工程单位。脑血管病项目入选国家发改委疑难病症诊治能力提升工程。近五年,医院在国家自然科学基金重点项目、外青项目上均取得突破,现有省部级及以上在研科技项目200余项;以第一作者或通讯作者发表SCI、北大中文核心期刊等代表性论文3000余篇,研究成果发表于Lancet、the New England Journal of Medicine、British Medical Journal、Radiology、Chemical Society Reviews等高质量期刊;以第一完成单位获得省部级及以上科技成果奖17项。截至目前,参研获得国家科技进步二等奖、教育部高等学校科学研究优秀成果奖(科学技术)二等奖等科研成果奖。医院以第一完成单位获得四川省科技进步奖一等奖5项。